Матрица: Революция (2003), Сюжет.
Действие фильма развивается сразу же после событий «Матрицы: Перезагрузки». Бэйн и Нео находятся без сознания. Морфеус в глубокой депрессии после осознания того, что всё, во что он верил, — ложь. Нео оказывается на станции метро — это переходный пункт между Матрицей и миром машин. Он встречает программиста-индуса Рама-Кандру с женой Камалой и дочерью Сати. Рама-Кандра сообщает Нео, что станцией управляет Проводник, подчиняющийся Французу Меровингену. В этот момент приезжает поезд, и Нео пытается пробраться на него. Однако Проводник отказывает ему и ударом кулака впечатывает его в стену.
Сераф связывается с Морфеусом, чтобы сообщить ему о встрече с Пифией, которая имеет новый внешний облик («за всё рано или поздно приходится платить»). Она сообщает Морфеусу и Тринити о ловушке, в которую попал Нео. Сераф, Морфеус и Тринити пытаются поймать Проводника, но тот убегает от них. Втроём они едут в клуб Меровингена и заставляют его освободить Нео.
После освобождения Нео отправляется к Пифии. Она говорит Нео, что Смит является его полной противоположностью. Как только Нео покидает Пифию, к ней приходят клоны Смита, до этого поглотившие Серафа и Сати. Один из них превращает Пифию в одного из своих клонов и таким образом узнаёт то будущее, которое видела Пифия.
В это время в реальном мире команда «Навуходоносора» и «Хаммера» находят корабль Ниобе «Логос» и его команду. Далее они допрашивают пришедшего в себя Бэйна, который говорит, что ничего не помнит. Нео принимает решение — он просит отдать ему корабль, чтобы он смог отправиться в город машин выполнить то, что ему предначертано. Капитан Роланд не верит в пророчество и считает Нео сумасшедшим. Ниобе отдаёт ему свой «Логос», так как Пифия сказала, что ей нужно будет решать, помочь Нео или нет. Нео и Тринити улетают.
Две команды разрабатывают план возвращения в Зион и обнаруживают тело Мэгги, убитой Бэйном, который спрятался на «Логосе». Он берёт Тринити в заложницы, но позже отпускает её, чтобы сразиться с подоспевшим Нео, который, хотя и не сразу, понимает, что под маской Бэйна скрывается Смит. В ходе схватки Бэйн выжигает Нео глаза электрическим кабелем. Но Избранный теперь может видеть истинный облик Бэйна и убивает его. Тринити становится пилотом, а Нео, получив возможность видеть всю инфраструктуру города машин, указывает ей направление.
В это время в Зионе разыгрывается жестокая битва с добравшимися до города машинами, и множество воинов погибает. Вскоре командир узнаёт о том, что к Зиону стремится «Хаммер», чей электромагнитный излучатель может вывести из строя нападающие на город машины. Капитан Мифуне пытается добраться до ворот, но машины убивают его. Перед смертью он передаёт своё задание юноше, который успевает открыть ворота.
«Хаммер» влетает в Зион и выводит из строя машины электромагнитным импульсом. Однако командование людей понимает, что это ещё не победа — к Зиону всё ещё стремятся тысячи машин. Люди прячутся в пещере и готовятся к последней битве. Рядом с Главным Компьютером Нео и Тринити атакованы охотниками. Нео пытается уничтожить их, используя свои способности, но машин слишком много. Пытаясь вырваться из их окружения и хватки, «Логос», по требованию Нео, взлетает вверх, в небеса.
По пути охотники оказываются выведенными из строя ударами молний. Корабль вместе с Нео и Тринити взлетает максимально высоко над чёрными облаками — туда, где светит солнце. Тринити, увидев это зрелище, произносит: «Вот чудо». Затем «Логос» падает вниз и врезается в сооружение рядом с Главным Компьютером. Когда Нео приходит в себя, Тринити умирает у него на руках. Нео идёт к Источнику, встречается с Главным Компьютером и предлагает договор: если он побеждает компьютерного вируса Смита, заполонившего Матрицу, машины прекращают войну с людьми. Главный Компьютер не сразу, но соглашается.
В это время вторая волна охотников атакует Зион. Надежды у людей больше нет, но Морфеус верит в Нео. С помощью Главного Компьютера Нео оказывается в Матрице, заполненной клонами Смита. Он вступает в бой со Смитом-Пифией. Начинается смертельная битва на земле и в воздухе. Оба героя равны по силам. В ходе битвы Смит сверхсилой сбрасывает Нео на землю, в результате чего образуется огромный кратер. Однако Избранный жив и продолжает борьбу.
Наконец Нео понимает, что ему не победить, и позволяет Смиту превратить себя в его клона. Главный компьютер через тело Нео посылает энергетические потоки, что приводит к уничтожению всех клонов Смита. Матрица перезагружается. Охотники, нападающие на Зион, прекращают атаку и улетают. Морфеус понимает, что Нео спас их. Тело Нео без признаков движения увозят машины.
Архитектор встречает Пифию и говорит ей, что её игра с системой была очень опасной. На это та отвечает, что сделала это ради изменений. Помня о договоре Нео с Главным Компьютером, архитектор обещает предоставить каждому, кто хочет выйти из Матрицы, такую возможность. Вскоре с Пифией встречаются Сераф и Сати, а последняя создаёт красочный восход в честь Нео. Пифия говорит, что, возможно, все ещё увидят Нео как минимум один раз, и сознаётся, что не предвидела такой исход войны, но верила в него.