Матрица: Перезагрузка (2003), Сюжет.

После событий первого фильма прошло полгода. Повстанцы узнают страшную весть: машины копают землю, чтобы добраться до Зиона — единственного города людей. Командор Лок приказывает всем кораблям вернуться в город, чтобы приготовиться к защите. Однако Морфеус, капитан корабля «Навуходоносор», не выполняет приказ, веря, что Пифия скоро свяжется с Нео, чтобы рассказать оставшуюся часть пророчества.

Но «Навуходоносору» требуется подзарядка, и Морфеус вынужден вернуться в Зион, оставив другой корабль на связи с Пифией. Капитан этого корабля получает сообщение от Пифии, но во время выхода из Матрицы на одного из членов команды, Бэйна, нападает агент Смит и превращает его в одного из своих клонов, который уходит в реальный мир через телефон. Таким образом Смит в образе Бэйна попадает в реальный мир.

Нео снятся кошмары о гибели Тринити, которую он очень боится потерять. Морфеус лично предупреждает жителей Зиона о приближающейся опасности нападения машин. Нео получает сообщение от Пифии, и Морфеус немедленно покидает Зион без разрешения командора Лока. Нео входит в Матрицу для встречи с Пифией. Он встречает Серафа, охранника Пифии, с которым ему приходится сражаться, чтобы доказать свою избранность.

Сераф убеждается в том, что Нео — избранный, и через белый коридор со множеством дверей (лазейка в программе) приводит его туда, где находится Пифия. Она подтверждает, что она, как и многое в Матрице, — программа, но не желает, чтобы её стирали, и поэтому противодействует Матрице. Нео узнаёт, что ему нужно пробраться в Главный Компьютер, чтобы закончить войну. Для этого им нужен Мастер ключей, которого пленила одна опасная и очень старая программа — Меровинген.

Пифия уходит в белый коридор, так как Сераф сообщает о приближающейся опасности, и Нео остаётся один. Он должен покинуть это место другим путём, но в этот момент появляется Смит. Нео раньше думал, что уничтожил его, но Смит объясняет, что Нео лишь изменил его программу, дав ему возможность самокопирования, и что теперь он является "падшим агентом" и свободной программой в Матрице. Далее Смит предпринимает попытку превратить Нео в одного из своих клонов, но последнему удаётся предотвратить это. Начинается сражение с огромным количеством клонов Смита. Поняв бессмысленность схватки, Нео улетает.

Нео, Морфеус и Тринити приходят к Меровингену, который отказывается отдать им Мастера Ключей. Однако его жена Персефона, оскорблённая одной из измен мужа, помогает им в обмен на поцелуй Нео. Она убивает одного из охранников (старых и очень опасных программ, известных среди людей как вампиры), а другого посылает сообщить Меровингену о похищении.

В подземелье они освобождают Мастера Ключей, а когда возвращаются наверх, их уже ожидает Меровинген с десятью охранниками. Морфеус, Тринити и Мастер Ключей убегают, а Нео остаётся, чтобы сразиться с людьми Меровингена. С помощью холодного оружия он эффектно расправляется с ними, но из-за странных дверей, ведущих в разные пространства, оказывается за 500 миль от города.

В это время Тринити и Морфеус, уводящие Мастера Ключей, сражаются с Близнецами, которые обладают возможностью превращаться в призраков. Морфеус, Тринити и Мастер, спасаясь от Близнецов, забегают на стоянку машин. Один из Близнецов зажимает дверь рукой, которую удерживает Морфеус, пока второй Близнец проходит через дверь. Тринити стреляет в него, но пули пролетают сквозь врага. Близнец атакует её и легко побеждает, ранив в руку.

Потом он захватывает Тринити в заложницы. Схватив её и приставив к горлу Тринити нож, он заставляет Морфеуса пропустить и второго Близнеца. Затем, продолжая угрожать убить заложницу, он требует от Морфеуса сложить оружие, но тот метко стреляет Близнецу в голову, заставляя последнего превратиться в призрака, благодаря чему Тринити удаётся вырваться из рук врага. Затем Морфеус в одиночку сражается с обоими Близнецами. Мастер Ключей вскрывает машину, и они выезжают в город.

Начинается большая погоня по шоссе, в ходе которой появляются Агенты. Морфеус убивает Близнецов, взорвав их в машине. Тринити с помощью Мастера удаётся угнать мотоцикл с автотрейлера, и она старается увезти Мастера на нём. Морфеус забирает Мастера Ключей на крышу грузовика, где вынужден сражаться с Агентом. Агенты сталкивают этот грузовик с другим, пытаясь убить и Морфеуса, и Мастера Ключей. Но в момент взрыва их спасает Нео, который поймал Морфеуса и Мастера Ключей на лету.

Мастер Ключей рассказывает, что Источник находится в небоскрёбе на секретном этаже. Чтобы проникнуть туда, нужно отключить электричество в 27 кварталах города, уничтожив электростанцию и аварийный генератор, после чего у Нео будет всего 314 секунд, чтобы добраться до нужной двери. В помощь Морфеусу прибывают ещё два капитана с командой, которые готовы помочь ему в осуществлении этого безумного плана. Нео просит Тринити не входить в Матрицу, боясь исполнения своих видений.

Во время проведения операции команда одного из кораблей погибает, так как на их корабль нападают охотники. Они не отключили электричество, что могло привести к неминуемой гибели Нео. Поэтому Тринити, вопреки своему обещанию, входит в Матрицу и отключает электричество в нужных кварталах. Нео добирается до нужной двери. Мастер Ключей смертельно ранен Смитом, пробравшимся в «белый коридор» программных ошибок, но он успевает отдать Нео ключ от Источника и указать Морфеусу дверь, через которую он сможет покинуть мир Матрицы.

Нео входит в Источник и встречает там Архитектора, создателя Матрицы. Последний сообщает Нео, что пророчество — фикция, сделанная лишь для того, чтобы спасти вид людей от гибели. Машины пытались уничтожить Зион уже пять раз. Задачей Избранного был отбор нескольких людей для перезагрузки Матрицы и спасения человеческого рода. Нео узнаёт, что Тринити вступает в схватку с агентом, из которой она не выйдет живой. Архитектор предлагает Нео выбор: или он смиряется с гибелью Тринити и перезагружает Матрицу, спасая тем самым людской вид, или он спасает Тринити, но обрекает людей на уничтожение. Нео выбирает последнее.

На «Навуходоносоре» Нео рассказывает всё Морфеусу, который понимает, что всё, во что он верил, было ложью. В это время на корабль нападают охотники. Команде приходится бежать с корабля, наблюдая его уничтожение. Неожиданно Нео начинает чувствовать охотников и уничтожает их непонятным для себя способом, после чего теряет сознание.

Морфеуса и его команду находит корабль «Хаммер», от капитана которого они узнают, что атака на армию машин, спланированная командором Локом, провалилась, и что команде корабля «Хаммер» удалось найти на поле битвы только одного выжившего. Им оказался тот самый Бэйн, в которого вселился Смит.