Люди Икс 2 (2003), Сюжет.
Курт Вагнер совершает неудачное покушение на президента США в Белом доме.
Люди Икс, находясь на экскурсии в музее, узнают об этом по телевизору и возвращаются в школу. Скотт Саммерс уверен, что это дело рук Магнито, но профессор Чарльз Ксавьер опровергает эту теорию. Он хочет найти Попрыгуна с помощью Церебро.
Тем временем полковник и военный учёный, Уильям Страйкер, пытается получить у президента разрешение на захват школы мутантов, но тот не хочет трупов детей-мутантов. Полковник считает, что у людей война с мутантами, а Мистик в облике сенатора Келли пытается его убедить в обратном.
Логан, не найдя ничего на Щелочных озёрах, возвращается в школу. Там Роуг знакомит его со своим парнем Бобби Дрейком. Ороро Монро и Джин Грей собираются уехать в Бостон за мутантом, напавшим на президента, а Логан обещает найти повод, чтобы остаться. Страйкер вкалывает Магнито в камере препарат и подчиняет его себе, чтобы тот рассказал ему все о школе и Церебро. Профессор просит Логана присмотреть за детьми ночью, пока он с Циклопом поедут навестить Магнито.
Мистик под видом Юрико Ояма приходит в офис Страйкера и узнает, где прячут Магнито. Она также узнает, что Страйкер строит свой Церебро. Шторм и Джин находят в церкви Курта Вагнера по прозвищу Ночной Змей, и забирают его с собой. Когда Профессор и Циклоп приходят к Магнито, люди Страйкера во главе с Юрико Ояма берут их в плен.
Логан ночью говорит с Бобби о Роуг. В этот момент на школу нападают люди Страйкера. Они усыпляют несколько детей, но будят дочь Банши мутантку Сирену, и та начинает кричать, от этого все просыпаются. Солдаты усыпляют Сирену, но её спасает Пётр Распутин, Логан начинает убивать солдат, а Айсберг и Джон Аллердайс идут за Роуг.
Колосс выводит большинство детей через потайной тоннель, а Логан спасает Роуг, Пиро и Айсберга, на которых напали солдаты. Он уводит их к другому тоннелю, закрывает проход, а сам остается с солдатами, но увидел Страйкера, который узнал его. Логан подумал, что он что-то знает о его прошлом.
Роуг уговаривает Пиро и Айсберга вернуться. Айсберг делает ледяную стену между Логаном и Страйкером, а Роуг уговаривает его идти с ними. Через тоннель они попадают в гараж, где угоняют машину Циклопа и направляются в Бостон к Джин и Шторм. В машине они обнаруживают устройство для связи с другими людьми Икс. Они останавливаются в доме Бобби Дрейка и встречают его родителей. Те в шоке, когда узнают, что Бобби мутант. Логан связывается с Шторм и Джин и сообщает, где они. Брат Бобби вызывает полицию, которая ищет мутантов. Логан, Айсберг, Пиро и Роуг уходят, но их встречают полиция. Логана выводят из строя пулей в лоб, а Пиро использует свои способности, чтобы спастись. Роуг, взявшись за ногу Пиро, тушит сделанный им пожар. В это время прибывают Шторм и Джин, а Логан приходит в себя, и они все улетают на X-Jet.
Страйкер тем временем забирает Церебро, а Магнито с помощью Мистик сбегает из камеры. ВВС США посылает два самолета за X-Jet, Шторм управляет погодой. Из-за этого пилоты самолетов катапультируются, но перед этим успевают выстрелить двумя ракетами. Джин силой Феникса уничтожает одну ракету, а другая взрывается около их самолета, и происходит разгерметизация. Роуг выпадает из самолета, её спасает Попрыгун. Самолет все равно продолжает падать, но у земли их спасает Магнито. Он объясняет им, кто такой Страйкер, и что он задумал. Джин, проникнув в разум Курта, узнает, где именно его держал Страйкер. Они все направляются на Щелочные озера. Зная, что Страйкер может затопить дамбу, они посылают Мистик внутрь. Она в образе Логана идет к Страйкеру, но тот распознает обман, а Мистик, избив солдат, закрывается в комнате управления. Она открывает двери шахты, и внутрь заходят Логан, Джин, Шторм, Курт и Магнито.
Тем временем Страйкер с помощью своего сына создает Профессору иллюзию, чтобы с помощью Церебро искать мутантов. Шторм и Попрыгун спасают детей. Логан уходит искать то место, где его подвергли опытам. Джин, Магнито и Мистик идут к Церебро, на них нападает Циклоп, находящийся под воздействием сыворотки Страйкера. Магнито и Мистик идут дальше, а Джин создает телекинетический щит от оптических лучей Циклопа, и лучи попадают в дамбу, и та сильно трескается. Циклоп приходит в себя, и он с Джин встречают Шторм, Курта и детей. Все они идут к Церебро.
Профессор находит всех мутантов, и их всех начинает оглушать сильный ультразвук, но это заканчивается, когда внутрь проникает Магнито. Мистик в облике Страйкера дает Джейсону новое задание — искать людей и убивать их. Джейсон в образе маленькой девочки дает то же указание Профессору. Логан находит комнату, где его подвергали опытам, и встречает Страйкера и Юрико Ояма. Он дерётся с Юрико, у которой те же способности, что и у него. Их сражение идет упорно и ожесточённо, пока Логан не втыкает в неё дренажную иглу, соединённую с резервуаром с адамантием. Она погибает от «передозировки» адамантия.
Пиро, оставшийся на X-Jet с Роуг и Айсбергом, уходит искать Людей Икс, а Роуг и Бобби остаются. Страйкер, покинув базу, пытается улететь, но его ловит Росомаха и хочет узнать, кто он, но тревога на базе дает знать, что скоро всё затопит. Логан приковывает Страйкера, а сам идёт спасать друзей. Дамба рушится, и вода начинает затапливать базу. Шторм и Курт вытаскивают Профессора из плена иллюзий и идут к выходу. Логан закрывает главный выход и ведет группу к запасному выходу. Магнито и Мистик сбегают на вертолёте Страйкера, к ним присоединяется Пиро. Полковника оставляют прикованным к стене железо-бетонного сооружения.
Роуг, управляя X-Jet, сажает его на то место, где стоял вертолёт Страйкера, и все заходят внутрь. Логан видит прикованного Страйкера и, бросив ему свой военный жетон, уходит. Самолёт оказывается неисправен, а пока его пытаются починить, вода прорывает дамбу и движется к самолёту, убивая Страйкера. Джин, выйдя из самолёта, силой Феникса останавливает воду и заводит самолёт, закрывает трап, чтобы Циклоп не пошёл за ней, и через Профессора прощается с Циклопом. Когда самолёт взлетает, Джин дает воде обрушиться на себя. Профессор и остальные посещают президента и, показывают ему папку Страйкера и убеждают, что они будут действовать во благо людей. В школе Профессор, Логан и Циклоп чтут память Джин, а после Логан говорит Скотту, что она сделала выбор в пользу него. На месте гибели Джин на поверхности воды появляется образ Феникса.