Индиана Джонс и Королевство хрустального черепа (2008), Сюжет.
1957 год, разгар Холодной войны. После событий первого фильма проходит 21 год (1936 год). Группа советских военных, возглавляемая учёной-фанатичкой Ириной Спалько, направляются на секретную базу-хранилище, расположенную в пустыне штата Невада, в «Зоне 51», недалеко от которой Индиана Джонс и его друг Мак проводили археологическое исследование. Ворвавшись на базу, Ирина заставляет Джонса найти там некие мумифицированные останки, ведь он когда-то входил в группу учёных, занимавшихся изучением катастрофы необычного летательного аппарата, произошедшей за 10 лет до описываемых событий в Розуэлле, Нью-Мексико (1947 год). Сам Джонс, правда, не совсем понимает природу виденного им однажды артефакта и его значимость, однако под дулом дюжины автоматов, используя магнитные свойства дроби, извлечённой из патронов (артефакт обладает сильнейшим магнетизмом), он находит искомый ящик.
Пока Спалько и её люди увлечённо исследуют найденный саркофаг с телом, излучающим поразительный магнитный импульс, Джонс приходит к выводу, что пора убегать. В ходе побега Джонсу придётся столкнуться с предательством Мака, который, как оказалось, работает на Спалько, и чудом уцелеть во время ядерных испытаний, проводившихся на полигоне неподалёку, спрятавшись в холодильнике со свинцовой обшивкой.
Индиана неожиданно оказывается под жёстким прессом ФБР, подозревающим профессора археологии, героя нескольких войн, бывшего агента разведки Генри Джонса-младшего в шпионаже в пользу Советского Союза. Подозрения эти оказываются настолько серьёзными, что Джонсу, вернувшемуся было к преподавательской работе, приходится покинуть Маршалл Колледж, где он проработал более 25 лет, чтобы избежать позорного увольнения.
Индиана намеревается отправиться в путешествие и поискать себе новое место где-нибудь, где нет «охоты на ведьм», но в последний момент его буквально снимает с поезда парень-гризер, называвшийся Мэттом «Псом» Уильямсом. Мэтт просит профессора Джонса о помощи — друг его матери, старый коллега и когда-то близкий друг самого Джонса Гарольд Оксли, он же старина Окс, пропал где-то в Перу, успев переслать Мэтту письмо, в котором содержатся ребусы в виде каких-то неизвестных иероглифов. Индиана, знавший, что всю свою жизнь Окс занимался поиском таинственного золотого города Акатора, который больше известен под названием Эльдорадо, предположительно находящегося на территории Перу, так же связывает с исчезновением Оксли и феномен хрустального черепа — загадочных артефактов, связанных с доколумбовыми цивилизациями Южной Америки — майя, ацтеков и наска.
Индиана и Мэтт отправляются в Перу, где в одном из городов, расположенном на знаменитых геоглифах Наски находят следы Окса. Как им становится известно, Окса в полубезумном состоянии подобрали монахини, опекающие местный приют для душевнобольных. Однако через некоторое время какие-то люди пришли и забрали Оксли из приюта. Осматривая камеру, где содержался Оксли, Джонс и Мэтт обнаруживают множество надписей «возвращение» и несколько рисунков черепа с огромными глазницами и причудливой вытянутой формой — именно такую форму древние наска искусственным образом придавали своим головам, с детства сжимая черепную коробку веревками. Таким образом люди цивилизации наска хотели стать похожими на богов. Под слоем же пыли и песка на полу камеры профессор Джонс обнаруживает ещё карту, которая приведёт его и Мэтта к усыпальнице Франсиско де Орельяна, сподвижника Франсиско Писсарро, который отправился когда-то на поиски Эльдорадо и, как считалось до этого момента, пропал без следа со своими спутниками в джунглях Амазонки.
Поражённый находкой, Индиана, тем не менее, вынужден признать, что первым обнаружил гробницу именно Оксли, и более того, он умудрился побывать там даже дважды, однако непонятно с какой целью. Ответ находится рядом с мумией де Орельяно — профессор Джонс обнаруживает хрустальный череп вытянутой формы. Уникальная находка явно нерукотворная, к тому же обладает странными свойствами — например, довольно сильным магнитным излучением. Вспомнив о надписях «возвращение» в камере Оксли, Индиана приходит к выводу, что Окс забирал череп, но через некоторое время вернул его на место.
Джонс решает все-таки забрать с собой таинственную находку, но на выходе из гробницы де Орельяно его и Мэтта ждали предатель Мак и советские военные. Вскоре Джонс, препровождённый с Мэттом в лагерь русских, разбитый в джунглях, вновь сталкивается со Спалько. Ирина демонстрирует Джонсу тело существа, имеющего, по её мнению, внеземное происхождение — это те самые останки, которые Джонс совсем недавно помог отыскать на секретном складе. Из тела извлечён скелет, и Ирина полагает, что этот скелет был хрустальным. Агент Спалько одержима всем паранормальным, она уверена, что существа, построившие 7 тысяч лет назад таинственный Акатор, используя при этом технологии, появившиеся значительно позднее, имеют внеземное происхождение. Однако Ирина ищет Акатор-Эльдорадо не ради золота, а ради тайного знания этих существ, которое сокрыто в главном храме. По легенде тот, кто вернёт хрустальный череп в святилище — обретёт огромную власть.
В руках у Ирины находится не только Джонс и Мэтт, но и пропавший Оксли. Но Окс действительно безумен после длительного общения с хрустальным черепом, и агент Спалько намеревается использовать Джонса, чтобы выпытать частично у «старины Окса», частично у черепа, который говорит лишь с избранными, как найти дорогу к Акатору. Однако у агента Спалько есть и другой аргумент — это Мэрион Рэйвенвуд. Мэрион — женщина, которую когда-то очень сильно любил Индиана, женщина, сопровождавшая его в поисках Ковчега более 20 лет назад, оказавшаяся к тому же матерью Мэтта «Пса» Уильямса.
Профессор Джонс вынужден подчиниться Ирине, он получает необходимые ей сведения. Но исследовательский ажиотаж Ирины в очередной раз прерывается попыткой побега — на этот раз побег стихийно организовывает юный Мэтт. И всё бы удалось, если бы Индиана и Мэрион не попали в ловушку зыбучих песков. Пока Мэтт и безумный Окс организовывали спасение, Мэрион, испугавшаяся, что ей и Инди пришёл конец, неожиданно признается Джонсу, что Мэтта на самом деле зовут Генри… Мэрион назвала сына в честь его отца — Генри Джонса-младшего! Тот приходит в недоумение. Из ступора Индиану выводит лишь появление Ирины и её людей, которых привёл Оксли, чтобы спасти Джонса. И вот связанных профессора Джонса, Мэрион, Мэтта и Оксли уже везут по прорубаемой в джунглях дороге — в том направлении, где должен быть Акатор.
Едва пришедший в себя от новости о своём отцовстве, Джонс, тем не менее, вступает в ожесточённую перепалку с Мэрион, которая не может простить Индиану за то, что после истории с Ковчегом тот сбежал от неё буквально за несколько дней до назначенной свадьбы. Кроме того, Генри Джонс-младший заявляет свои отцовские права на Генри Джонса-«ещё более младшего» и приступает к его воспитанию, чему последний не особенно рад.
Родительским нотациям и почти супружеской сцене может помешать лишь ещё один побег — на этот раз более удачный: в результате безумной гонки через джунгли Джонс и компания отрывается от Спалько, потерявшей большую часть своих людей, в том числе и верного подручного полковника Довченко (его съедают муравьи).
В себя частично начинает приходить «старина Окс». Он приводит Индиану и остальных к Акатору. Однако на деле в Золотом городе не оказывается золота — лишь полуразрушенные пирамиды и другие строения. Но Индиана сумеет обнаружить тот самый храм, в котором должен храниться череп. А храм, к удивлению всей компании, оказывается наполнен сокровищами и памятниками древнейших цивилизаций, расположенных в самых разных частях света — Древняя Греция, Древний Китай, Древняя Индия, Древний Египет. Каким образом предметы, созданные столь разными и столь удалёнными друг от друга культурами, могли оказаться в одном месте? Но самым главным сокровищем оказывается всё-таки хрустальный череп. Индиана Джонс и его друзья входят в золотой зал, где на золотых же тронах сидят 13 хрустальных остовов странных существ с черепами вытянутой формы и огромными глазницами. И лишь один остов лишён головы. Однако честь вернуть ему хрустальный череп отбирает у Индианы Джонса Ирина Спалько, неустанно шедшая по его следу и наконец настигнувшая (агент Мак, следовавший за героями, бросал на землю специальные маячки). Как только Ирина водружает череп на место, впавший в очередной раз в помешательство Оксли начинает говорить на древнем диалекте индейцев майя — он слышит мысли этих существ: они хотят отблагодарить за возврат черепа. Ирина Спалько просит о тайном знании. После этого хрустальные остовы будто оживают, а золотой зал начинает вращение, открывая канал в пространство между мирами.
Храм начинает разрушаться. Индиана Джонс и группа его друзей потихоньку отступают. Но Мак из-за своей непомерной жадности и тяги к богатству и сокровищам не успевает уйти и его вместе с оставшейся горсткой советских солдат уносит в другое измерение. В результате вращения 13 хрустальных скелетов образуют одно внеземное существо, которое начинает передавать Ирине то знание, которое она так страстно желала. Однако ноша знаний оказывается не под силу для человека. В итоге честолюбивая и эгоистичная авантюристка заживо сгорает в том свете, который струится из глаз пришельца.
Выбравшиеся из храма Индиана, Мэтт, Мэрион и Оксли видят, как из недр разрушенного храма подымается гигантская летающая тарелка, чьё бешеное вращение уничтожает древний город Акатор. Тарелка поднимается над землёй и увлекает за собой каменные глыбы, создавая нечто наподобие смерча. Неожиданно тарелка пропадает, и вместе с её исчезновением прекращается буйный смерч. Всё, что было поднято в воздух — вновь упало на землю, а в образовавшуюся на месте Акатора воронку хлынула вода из Амазонки, уничтожая все следы произошедшего.
Оксли окончательно обретает разум, Мэрион и Индиана заключают друг друга в объятья, а Мэтт начинает отныне привыкать к оклику «младший». В конце Индиана всё-таки ведёт Мэрион к алтарю.